《我老婆是学生会长第二季》延续了第一季的精彩，继续围绕着男主与身为学生会长的老婆展开故事。男主在校园里本过着平凡的生活，却因与学生会长结婚，生活变得波澜起伏。第二季中，他们要共同应对更多来自学校和家庭的挑战。学校里，学生会长要处理各种社团活动的纷争、组织大型校园节日，男主也被卷入其中帮忙。家庭方面，双方家长开始频繁介入他们的生活，对他们的婚姻提出各种要求和期望。同时，校园里还出现了新的人物，有的对男主心生爱慕，有的与学生会长产生竞争关系，这让两人的感情面临新的考验，他们在不断解决问题的过程中，感情也愈发深厚。