《百变机兽之元气星魂》讲述了在未来世界，地球面临着来自宇宙邪恶势力的威胁。少年翔锋、叶辉和小吉三人机缘巧合下获得了元气星魂力量。翔锋勇敢正义，一心守护地球；叶辉冷静聪慧，拥有出色的分析能力；小吉则活泼开朗，充满好奇心。他们能通过召唤器召唤出强大的机甲战士，与邪恶势力展开激烈战斗。在战斗过程中，他们不断成长，逐渐掌握了机甲的强大力量。同时，他们也结识了许多志同道合的伙伴，一起对抗邪恶组织“幽影族”。幽影族妄图征服地球，派出各种强大的怪兽攻击人类。翔锋等人凭借着坚定的信念和强大的机甲，一次次化解危机，最终成功守护了地球的和平。